Варианта 2:
1. Писать все хуками (они написаны в файлах вукоммерца, но есть отличный
Для просмотра ссылки Войди или Зарегистрируйся) - пишешь функцию, добавляешь ее экшеном к нужному хуку.
2. Создать в папке своей темы папку woocommerce и скопировать туда из плагина все шаблоны которые собираешься менять (сохраняя структуру папок конечно) соответственно в этой папке можешь теперь все что хочешь менять, а плагин будет брать шаблон от туда.
Конечно в основе лежит PHP код, но разметка как обычно HTML + CSS
Если сам не разберешься - могу помочь, но не бесплатно естественно. (Я кодер если что)